Bodrum Yarımadası’nın en eski yerleşim yeri Torba Gündoğan yolu üzerinde bulunan Peynir Çiçeği Mağarasıdır. Mağara içinde yapılan kısa bir araştırma sonucu Kalkolitik çağa kadar inen buluntulara rastlanmıştır. Bodrum antik çağın en ünlü kentlerinden biri olan Halikarnassos’un üzerine kurulmuştur. Bölgeye antik çağda Karya adı verilmiştir. Karya bugünkü Muğla ilinin tümü ile Aydın ilinin bir kısmını kapsamaktadır. Anadolu günümüzde olduğu gibi antik çağda da çeşitli bölgelere ayrılmıştır. Eski yazarlara gore Karya’nın batı sınırı Menderes Nehri’nden başlamaktadır. Doğu sınırı ise Dalaman Çayıdır. Yörenin yerli halkı Karlar ve Lelegler’dir. Homeros İlyada destanında Karyalılar’ı Anadolu’nun yerli halkı olarak anar ve Troyalılar’la birlikte Anadolu’yu Yunanlılara karşı savunduğunu söyler.

Tarihin babası olarak tanınan Halikarnassoslu Herodotos (M.Ö.484-425) “Karyalı’lar ana karaya adalardan gelmişlerdir. Eskiden Leleg adı altında adalarda otururlardı ve Minos uyruğundaydılar” demektedir. Karların denizci olduğunu belirtmekte, sorgucu, kalkan üzerine işaretler kazımaya ve bir de kalkanı tutmak için kulp takmayı onların icat ettiğini yazmaktadır. Giritlilerin  Karyalılar için anlattıkları budur. Ama Karyalıların bunu Kabul etmeyerek “biz ana karanın yerlisiyiz dediklerini eklemektedir.Herodotos Halikarnassosun Moranın (Peloponnes) doğusunda bulunan Troizen den gelen Dorlar tarafından kurulduğunu söylemektedir. M.S.26yılında Romaya giden Halikarnassos heyeti, imperator Tiberius için yapılacak tapınağın Halikarnassosda yapılmasını sağlamak için Halikarnassosda 1200 yıldır deprem olmuyor demiştir. Bu da şehrin Troya savaşından hemen sonra kurulduğunu göstermektedir. Ancak Strabon, M.Ö.XI. yüzyılın ilk çeyreğinde Halikarnassosun mevcut olmadığını yazmaktadır.

M.Ö.VI yüzyılın başlarında Karya, Lidyalıların egemenliği altındadır. Karyalıların, Lidyalılarla ilişkisi M.Ö 700 yıllarında başlamıştır. Geleneklerine göre Karyalılar, Lidyalılar ve Mysialılar birbirlerini kardeş kavim saymışlardır. Lidya Kralı Giges, Karyalıların bir savaşta gösterdikleri başarı üzerine Lidyanın başkenti Sardes te yüzyıllar boyu saklanan kuvvet tanrısı Herakles in altın baltasını Karyalılara vermiştir. Çift ağızlı balta, Karya , Lidya ve Mysialıların ortak hac yeri olan Milas yakınlarındaki Labraunda tapınağına konmuştur. Halikarnassos sikkeleri üzerinde de bu çift ağızlı balta görülmektedir.

Lidyanın başkenti Sardesin Pers Kralı  Kiros tarafından alınmasından sonra Batı Anadolu şehirleri süratle  Pers egemenliğine girmiştir.Halikarnassos’ta bunlardan biridir.

Bodrum M.Ö. 386 yılında Persler‘in egemenliğine girmiştir.  Persler daha önceleri de olduğu gibi Anadolu yu satraplıklara ayırmıştır. Karya bölgesi de Milasa da oturan Hekatomnos lar sülalesine verilmiştir.Adını bildiğimiz  ilk satrap (Pers Valisi) Hyssaldomus’dur. Bundan sonra oğlu Hekatomnos Karya Satrabı olmuştur (M.Ö.387). Hekatomnus’un 3 erkek (Mavsolos, İdrieus, Piksodaros) ve iki kız ( II.Artemisia, Ada,) beş çocuğu olmuştur. Hekatomnos’un ölümü üzerine Mavsolos, Ligdamis‘in sülalesinde olduğu gibi Karya Satraplığı nın başkentini M.Ö.367 lerde Halikarnassos a taşımıştır. Halikarnassos en parlak devrini M.Ö. 353 yılında Karya bölgesinin başkenti olunca yaşamıştır. Dünyanın yedi harikasından biri olan Mausoleum bu dönemde Kral Mausolos‘un anısına kız kardeşi ve aynı zamanda karısı olan Artemisia tarafından yaptırılmıştır.

Bodrum M.Ö. 192’de Romalıların eline geçmiş ancak bu dönemde önemli bir gelişme göstermemiştir. M.S. 395 yılında Bizanslıların, M.S. XI. yüzyılda Türklerin eline geçmiştir. I. Haçlı savaşlarında Bizanslıların, XIV. yüzyılda tekrar Türklerin eline geçmiştir. 1415 yılında Rodos Şövalyelerinin eline geçmiş, 1522 yılında ise (Kanuni Sultan Süleyman döneminde) tekrar Osmanlı İmparatorluğuna katılmıştır.  Cumhuriyetin ilanından sonra adı Bodrum olarak değiştirilmiştir.

Turizm Bodrum’un son yıllarda temel ekonomik etkinliği haline gelmiştir. Turizme dayalı küçük el sanatları ticareti ve tarihsel dokusu ile turistleri çekmektedir. Bodrumda başlıca gezilecek yerler;