Bodrum Yarımadası’nın en eski yerleşim yeri Torba Gündoğan yolu üzerinde bulunan Peynir Çiçeği Mağarasıdır. Mağara içinde yapılan kısa bir araştırma sonucu Kalkolitik çağa kadar inen buluntulara rastlanmıştır. Bodrum antik çağın en ünlü kentlerinden biri olan Halikarnassos’un üzerine kurulmuştur. Bölgeye antik çağda Karya adı verilmiştir. Karya bugünkü Muğla ilinin tümü ile Aydın ilinin bir kısmını kapsamaktadır. Anadolu günümüzde olduğu gibi antik çağda da çeşitli bölgelere ayrılmıştır. Eski yazarlara gore Karya’nın batı sınırı Menderes Nehri’nden başlamaktadır. Doğu sınırı ise Dalaman Çayıdır. Yörenin yerli halkı Karlar ve Lelegler’dir. Homeros İlyada destanında Karyalılar’ı Anadolu’nun yerli halkı olarak anar ve Troyalılar’la birlikte Anadolu’yu Yunanlılara karşı savunduğunu söyler.